区供销合作总社机关设5个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案、接待、后勤等机关日常运转工作；承担新闻宣传、政（社）务公开、信息、保密、史志编纂等工作；负责纪检监察、信访调处、社会治安综合治理、扶贫帮困、文明创建、卫生创建等工作；负责机关和直属单位党建、组织工作；负责机关目标管理考核工作；负责人事调配、劳动工资、职称评定、职工教育和技能培训工作；负责机关老干部、工青妇等工作；负责全区供销合作社社员代表大会的相关工作。
监事会办公室：承担区总社监事会的日常工作。
（二）经济发展科
负责拟订系统发展规划及年度工作计划并组织实施；负责系统电子商务建设、农产品市场建设及产销对接、农业接轨上海等工作；负责系统项目投资的可行性研究和论证、招商引资、外经外贸等工作；培育发展系统骨干龙头企业，开展行业对外交流与合作；协调指导总社直属企业和投资企业的转型升级和运行管理；负责系统安全生产工作；开展法律服务工作，维护供销合作社合法权益。
（三）社务与资产管理科（社有资产管理委员会办公室）
负责指导全区基层供销社建设、综合服务社和现代农业综合服务中心建设，引导成员社发展农民专业合作社及其联合社、以农民为主体的综合性合作社；组织参与农业社会化服务体系建设，指导和推动系统开展多种形式的社会化服务；负责新农村现代流通网络建设；组织指导申报农业综合开发供销社示范项目；承担系统综合业绩考核工作；承担指导全市合作经济组织和农产品经纪人队伍建设及人员培训工作；负责中国供销合作社标识的统一推广使用和规范管理工作；建立健全资产管理制度，负责社有资产的运营管理和监督。
（四）财务审计科
负责编制区总社预决算；负责机关和基层社各类资金的编报、管理、使用和监督；编报系统财务会计报表，编写财务分析、预测经营发展趋势；承担对系统内资产审计监督和重大财务收支、经济效益的审计调查工作；承办供销社改革发展项目专项资金申报、财务审核和绩效评价工作；负责对投资企业的股权监管；负责指导、督促检查系统各单位的财会、审计、统计工作；负责系统财会、审计、统计人员的管理和培训工作。
（五）企业经营管理科
负责直属企业日常经营管理，配合协调参控股企业的管理；负责农产品市场建设运营；社有企业遗留问题处置；牵头大千商贸城综合管理；承办区供销（集团）总公司交办的其他工作。